Virus de Wuhan: Le SARS-CoV-2 a des capacités de mutation hors norme (Guess why the Chinese Army super virus designed in a French laboratory with US funds is so virulent ?)

COVID lab-leak theory: 'rare' genetic sequence doesn't mean the virus was engineeredCoronavirus : aux origines françaises du laboratoire P4 de Wuhan - Le Parisienhttps://img.buzzfeed.com/buzzfeed-static/static/2020-04/30/13/campaign_images/4409ddeddc8f/past-coronavirus-research-grants-are-being-used-t-2-450-1588254389-6_dblbig.jpg?resize=1200:*Le retour à la normale, c’est peut-être 2022, 2023, mais nous aurons probablement un autre variant qui arrivera dans le courant de l’hiver, car le SARS-CoV-2 a des capacités de mutation hors norme. (…) On aurait pu tout fermer ou tout rouvrir, ça n’aurait rien changé, à cause des particularités du virus Delta. Jean-François Delfraissy (président du Conseil scientifique)
Comme dans toute controverse en science, il faut identifier les points de consensus afin de pouvoir étudier les désaccords. Côté consensus, toute la communauté scientifique reconnaît qu’il existe des Sars coronavirus circulant chez les chauves-souris apparentés au Sars-CoV-2 : ces virus sont des cousins. On trouve une petite dizaine d’entre eux, mais ils sont tous trop distants, génétiquement, pour être le parent direct de l’épidémie. Ces virus circulent majoritairement dans la province du Yunnan, au sud de la Chine, mais également dans des régions limitrophes de la province du Yunnan colonisées par les mêmes espèces de chauves-souris. Il est également établi que l’émergence de cas de pneumonie sévère traduisant la flambée épidémique du virus ont d’abord été détectés dans la ville de Wuhan, début janvier 2020, dans la province du Hubei. Des premiers cas sont décrits en décembre de manière absolument claire et incontestable, ce qui suggère une origine d’épidémie un peu plus précoce – et donc les experts datent le début de l’épidémie entre début septembre et fin octobre 2019. Voilà pour les points d’accord. En revanche, les points de divergence portent sur la succession d’évènements qui ont permis à des virus de chauves-souris d’acquérir, d’une part, la capacité de reconnaître efficacement les récepteurs présents sur les cellules humaines, et d’autre part, la capacité de transmission interhumaine, donc d’homme à homme. On sait que ces deux étapes constituent un goulot d’étranglement important mais, lorsque qu’un virus passe ces barrières successives, il peut alors se propager largement dans les populations humaines, donc devenir éventuellement épidémique ou pandémique. Le débat porte sur les mécanismes ayant permis ce franchissement de la barrière des espèces. Certains l’expliquent par la thèse zoonotique que j’ai évoquée précédemment. Mais d’autres suggèrent que l’épidémie pourrait être liée à la collecte d’échantillons de ces coronavirus dans les grottes du Yunnan où ils circulent. En effet, plusieurs laboratoires chinois travaillaient sur ce virus, afin de comprendre les mécanismes moléculaires permettant à ces derniers des franchissements de la barrière des espèces pour devenir des pathogènes humains. D’où l’hypothèse d’un accident de laboratoire contaminant éventuellement des personnels… et donnant les premiers patients. Cette hypothèse est sous-tendue par plusieurs arguments : d’abord, cette ville concentre les plus gros centres d’étude des coronavirus dans le monde. Par ailleurs, il est paradoxal de voir émerger une épidémie dans une ville de onze millions d’habitants environ, dont les experts chinois sur les coronavirus affirmaient depuis des années que celle-ci, Wuhan, était typiquement une ville où ce type d’émergence zoonotique ne pourrait pas avoir lieu parce qu’il n’y a pas ces contacts indispensables entre espèces sauvages, espèces domestiques et l’homme. (…) [L’hypothèse de l’accident de laboratoire] est basée, entre autres, sur le fait que le virus le plus proche actuellement connu, donc le RaTG13, a été échantillonné par un laboratoire de virologie localisé dans la zone où les premiers cas de Sars-CoV-2 ont été détectés, et où des travaux sur ces coronavirus émergents sont conduits. Des projets de recherche importants visaient à comprendre le mécanisme de franchissement de barrières d’espèces, c’est-à-dire justement à collecter des virus chez les chauves-souris, récolter des échantillons de manière à séquencer ces virus, essayer de mettre en culture ces virus dans des cellules et essayer de comprendre comment ces virus sont potentiellement capables d’infecter des cellules d’autres mammifères, incluant des cellules humaines. (…) Quand on fait de la construction moléculaire, on part évidemment de séquences naturelles dans un premier temps. Une fois qu’on a construit l’existant, on peut éventuellement, modifier une partie du génome ou échanger des morceaux de génome d’un virus avec le génome d’un autre virus, donc faire ce qu’on appelle des chimères – ou virus recombinant – pour essayer de comprendre quelles sont les fonctions spécifiques de tel ou tel fragment de génome, ou comment tel ou tel morceau de génome confère ou ne confère pas la capacité à infecter d’autres types cellulaires. Chez les coronavirus, par exemple, il y a une protéine qui joue un rôle majeur dans le franchissement de la barrière des espèces, c’est la protéine Spike qui est à la surface de la particule virale et donne l’aspect en couronne des virus. Il se trouve que les laboratoires de virologie de Wuhan ont démontré, à partir de 2016, qu’il existe chez certaines chauves-souris des virus avec des protéines Spike potentiellement capables d’infecter directement des cellules humaines sans nécessiter pour autant de passer par des hôtes intermédiaires. C’est ce qui fait qu’aujourd’hui, quand on parle de zoonose, les deux possibilités sont explorées par les scientifiques : soit une infection directe de l’homme par des virus de chauve-souris, qui donnent naissance à l’épidémie, soit une zoonose qui est liée à un mécanisme de débordement via l’infection d’une espèce intermédiaire. (…) Bien sûr, c’est compliqué. De tels travaux ne sont pas à la portée de n’importe quel laboratoire. Cela réclame d’abord de travailler dans des conditions de sécurité suffisantes. Les recommandations européennes sur les coronavirus (Sars-CoV-1 & 2 et Mers-CoV) imposent de travailler en laboratoire de type L3. Mais les méthodologies de modification des génomes avancent à une vitesse tout à fait incroyable, ce qui fait que des expériences qui duraient des mois, il y a encore dix ans, sont réalisables aujourd’hui en moins d’un mois par les laboratoires qui ont l’expertise – d’ailleurs, les autorités chinoises ont publié les premières séquences du Sars-CoV-2 vers le 12 janvier 2020, et un mois plus tard, un laboratoire suisse avait reconstruit un Sars-CoV-2 rigoureusement identique, juste sur la base de ces séquences récupérées dans une base de donnée… (…) Il est crucial, de mon point de vue, de comprendre l’origine de cette pandémie, parce qu’il y a des décisions collectives et mondiales à prendre qui seront complètement différentes si l’origine est zoonotique ou accidentelle. S’il y a eu passage par tel ou tel hôte intermédiaire, il faudra prendre des mesures de surveillance chez les animaux potentiellement infectés, donc potentiellement vecteurs de ces virus, avec à la clef des abattages systématiques, comme c’est le cas régulièrement pour la grippe aviaire. Et s’il s’avère que c’est un accident dû à des manipulations, alors il faut mieux encadrer les conditions expérimentales dans lesquelles sont faites les expériences dont on vient de parler. Par ailleurs, quelle que soit l’origine du virus, avec l’avancée rapide des nouveaux outils de biologie moléculaires, il est peut-être urgent de réfléchir de manière collective aux expériences qu’il est nécessaire de faire dans les laboratoires et à celles qu’il ne faut pas faire parce qu’elles sont trop dangereuses. Est-il raisonnable de construire dans des laboratoires, des virus potentiellement pandémiques chez l’homme qui, au départ, n’existent pas naturellement ? Ce débat éthique existe depuis les années 2010-12, quand des équipes américaines et hollandaises ont cherché à construire des virus de la grippe, potentiellement pandémiques, et cette fois-ci à partir d’un virus qui n’était pas particulièrement adapté à la transmission par aérosol. Le bénéfice qu’on escomptait de ces expériences était-il si important qu’on pouvait s’affranchir du risque de sa diffusion ? Ou, est-ce que, éthiquement, ces travaux devaient être considérés comme trop dangereux et donc interdits ? Voilà ce qui a conduit les États-Unis à décréter à partir de 2014 un moratoire sur ce type d’expérience. Ces arbitrages sont complexes, et il est nécessaire d ’évaluer les risques et les bénéfices potentiels des expériences, afin de définir des limites sans stériliser la recherche. (…) Le cœur du débat est là : les scientifiques sont peu habitués aux limitations a priori de leur domaine de recherche, et encore moins à ce que la société civile scrute leurs travaux. Cette manière de faire change progressivement, car il y a de plus en plus de comités d’éthique – en tout cas, pour tout ce qui concerne le domaine d’expérimentation humain et, désormais, les expérimentations animales. Mais il y a d’autres domaines de la science qui devraient être considérés comme critiques du point de vue éthique, c’est-à-dire dans lesquels on renoncerait éventuellement à la conduite de certaines expériences, ou alors où l’on favoriserait des stratégies alternatives moins dangereuses. Les virus n’ont pas de passeports ! Et donc, la gestion des risques biologiques ne peut plus être envisagée uniquement au niveau national. Cette question doit se traiter de manière internationale, si l’on veut la traiter correctement. Regardez le moratoire américain que j’évoquais : l’une des conséquences de cette nouvelle politique a été l’arrêt des expériences sur les coronavirus par les grands laboratoires sur le territoire américain. Ce qui a conduit, à la place, à l’intensification de ces recherches dans les laboratoires de Wuhan, par exemple, avec des financements américains… notamment, entre autres, via la EcoHealth Alliance ! Paradoxalement, le moratoire américain, qui pourrait être jugé comme une décision limitant les risques biologiques, a donc peut-être eu des effets pervers, en favorisant le déploiement de recherche dans des pays ou le contrôle des risque biologiques est moindre… (…) via l’association que je viens de mentionner. Il y a eu financement d’abord des collectes de virus, pour essayer d’échantillonner davantage les virus présents chez les chauves-souris, entre autres dans le Sud asiatique, mais il y a également eu financement d’expériences visant à être en capacité de cultiver ces virus, en cellules et dans des modèles animaux, pour comprendre les mécanismes de transfert zoonotique et pour essayer concevoir des vaccins permettant de protéger des futures zoonoses. L’intention de telles recherches est donc de prévoir les nouveaux virus potentiellement pandémiques pour mieux s’en prémunir… Sauf que justement, les expériences réalisées comportent des risques potentiels. Quand on réfléchit aux problèmes de pandémies et aux études sur les virus émergents, on ne peut, je le répète, pas envisager la problématique du seul point de vue national ou même continental – il faut nécessairement une vision globale et mondiale. Dans son Destin des maladies infectieuses, le microbiologiste Charles Nicolle écrivait en 1933 que « la connaissance des maladies infectieuses enseigne aux hommes qu’ils sont frères et solidaires. Nous sommes frères parce que le même danger nous menace, solidaires parce que la contagion nous vient le plus souvent de nos semblables. » Cette analyse reste étonnamment d’actualité – et l’avenir ne manquera pas de nous rappeler cette vérité dans le contexte du déploiement des vaccins, avec les variants du Covid-19 qui se multiplient actuellement… Sans une stratégie globale et mondiale, on court après le virus avec des vaccinations éventuellement successives permettant de protéger une partie de la populatio, alors même que l’autre partie de la population, qui serait incorrectement vaccinée, constituerait finalement un réservoir de nouveaux variants. (…) Évidemment, la surpopulation mondiale a des conséquences… La pression sur les écosystèmes et la densification de la population aussi, avec pour répercussions l’augmentation des élevages d’animaux industriels, sources potentielles également de zoonose. On sait aussi que l’évolution des moyens de transport et de communication favorise la dissémination des épidémies, et nous avons vu la dissémination mondiale du Sars-CoV-2 en quelque mois. Donc l’ensemble de ces facteurs favorise l’intensification des zoonoses et la diffusion des maladies infectieuses nouvelles. On peut agir en régulant mieux les élevages industriels et les voyages internationaux. Mais il est également nécessaire d’interroger les pratiques de la biologie moléculaire moderne, qui nous permet de mieux lutter contres les maladies mais qui comporte, comme on vient de le voir, également des risques biologiques. On peut conclure à ce stade que même si l’origine de l’épidémie n’est pas encore élucidée – et même si l’identification risque de prendre du temps –, nous disposons déjà d’informations importantes sur des mécanismes potentiels d’émergence de pandémies. Il est par conséquent possible, dès aujourd’hui, de limiter ces risques en adaptant nos pratiques. Étienne Decroly

Devinez pourquoi le super virus de l’Armée chinoise conçu dans le laboratoire français de Wuhan et financé par les Américains est si virulent ?

Pour le virologue spécialiste du VIH, directeur de recherche au CNRS et membre de la Société française de virologie Étienne Decroly, la question de l’origine du Covid-19 n’est pas résolue. Et la thèse de la transmission par les chauves-souris (ou par un hôte intermédiaire, tel que le désormais tristement fameux pangolin) souffre de plusieurs incohérences. Le virus se serait-il bel et bien échappé d’un laboratoire de Wuhan ? Entretien sur un mystère toujours non résolu.

L’Organisation mondiale de la santé a rendu son rapport sur l’origine de la pandémie. Qu’en pensez-vous ? Que dit ce rapport – et que ne dit-il pas ?

Étienne Decroly : C’est une bonne nouvelle qu’un premier rapport soit enfin disponible. En un an de pandémie, l’OMS a pu envoyer une équipe en Chine pour essayer de comprendre ce qui s’est passé et découvrir les origines du virus. 17 experts mandatés par l’OMS ont rejoint 17 experts chinois pour analyser les résultats de l’enquête chinoise. La commission conclut que le mystère reste entier… et suggère que l’origine zoonotique – c’est-à-dire liée à la transmission d’un virus existant dans des espèces animales à l’espèce humaine – est la plus probable. Le virus se serait transmis à l’espèce humaine soit à partir des chauves-souris, qui sont un réservoir important de ces virus, soit en passant par une espèce intermédiaire (chat, lapin, vison, pangolin, civette, etc.). Toutefois, il faut noter que l’échantillonnage massif réalisé par les autorités chinoises n’a pas permis de confirmer cette présomption, ce qui a conduit le directeur de l’OMS à rappeler que toutes les hypothèses restaient sur la table – incluant celle d’un accident de laboratoire – et à proposer de constituer une nouvelle commission dont le pouvoir d’enquête serait élargi. Le processus d’enquête doit donc se poursuivre.

“Le directeur de l’OMS rappelle que toutes les hypothèses restent sur la table, incluant celle d’un accident de laboratoire. […] L’enquête doit donc se poursuivre” Étienne Decroly

Concernant l’espèce primordiale, on a immédiatement pensé aux chauves-souris ?

L’analyse des émergences précédentes de coronavirus a permis d’identifier les chauves-souris comme un réservoir jouant un rôle clé dans l’origine zoonotique des coronavirus. Dans la nature, des populations importantes de chauves-souris (dont il existe plus de 1 400 espèces) partagent les mêmes grottes, et différentes souches de coronavirus peuvent alors infecter simultanément le même animal, ce qui favorise les recombinaisons génétiques entre virus et décuple les possibilités d’évolution. Certaines souches ainsi générées sont parfois aptes à franchir la barrière des espèces et infectent d’autres espèces animales davantage au contact des population humaines. La transmission ultérieure aux humains est facilitée car ces « hôtes intermédiaires » sont d’une part génétiquement plus proche de l’homme, et d’autre part souvent des animaux d’élevage en contact direct avec les humains. Les virologistes sont capables de comprendre les mécanismes de transmission zoonotique par des analyses « phylogéniques » permettant de reconstruire l’arbre généalogique des virus. En comparant les séquences génomiques d’échantillons viraux de malades infectés par le Sars-CoV-2 [la dénomination officielle du Covid-19] au début de l’épidémie, on a observé un taux d’identité de 99,98 % entre les différents échantillons, ce qui signifiait que le virus avait récemment émergé chez l’humain. On a également constaté que ce génome était à 96 % identique à celui d’un virus de chauve-souris (RaTG13) collecté en 2013 à partir de fèces de l’animal et dont les séquences ne sont connues que depuis le mois de mars 2020. Le virus RaTG13, un cousin du Sars-CoV-2 (mais pas son parent direct) provient d’une mine de la province du Yunnan, où trois mineurs avaient succombé à une pneumonie sévère en 2012. Pour faire bref, le Sars-CoV-2 est génétiquement plus proche de souches virales qui ne se transmettaient jusqu’alors qu’entre chauves-souris. Il ne descend pas de souches humaines connues et n’a acquis que récemment la capacité de sortir de son réservoir animal naturel, donc, en l’occurrence, très probablement de la chauve-souris.

“Les virus n’ont pas de passeports ! La gestion des risques biologiques ne peut plus être envisagée uniquement au niveau national, il faut une stratégie globale et mondiale” Étienne Decroly

Alors pourquoi est-ce que le rapport n’écarte pas d’autres hypothèses ?

Le rapport évoque en mode mineur la possibilité d’une transmission via de la viande surgelée, infectée on ne sait trop comment, mais qui aurait l’avantage, vu de Chine, d’exonérer l’origine locale. Enfin, il considère l’hypothèse d’un accident de laboratoire comme très improbable. Toutefois, comme mentionné à l’instant, c’est le directeur général de l’OMS lui-même qui a pris le contrepied de la mission OMS-Chine, en déclarant à deux reprises que toutes les hypothèses restaient sur la table, y compris celle d’un virus échappé d’un labo.

Que traduit cette contradiction ?

Elle est le reflet d’une controverse géopolitique, bien sûr, mais également scientifique. Lorsque l’épidémie a émergé, la communauté scientifique a rapidement penché vers l’hypothèse d’une zoonose passant par un intermédiaire animal entre la chauve-souris et l’homme. D’abord, parce qu’aucune épidémie liée à une transmission directe de la chauve-souris à l’homme n’a jamais été démontrée. Ensuite, parce que l’histoire de l’interaction entre l’espèce humaine et les animaux témoigne de nombreux cas de transmissions de virus de certaines espèces animales vers l’espèce humaine en passant par des hôtes intermédiaires – à savoir, des animaux d’élevage ou des animaux sauvages en contact avec les populations. D’où l’hypothèse principale d’une transmission à l’humain via une espèce d’un hôte intermédiaire dans laquelle les virus peuvent évoluer puis être sélectionnés vers des formes susceptibles d’infecter des cellules humaines.

“Les contradictions des conclusions du rapport sont le reflet d’une controverse géopolitique, mais également scientifique” Étienne Decroly

Comment fait-on pour identifier l’hôte et son espèce? 

Habituellement, on analyse les relations phylogénétiques entre le nouveau virus et ceux provenant d’espèces animales vivant dans les régions proches de l’émergence ; cette méthode a permis d’établir que la civette, une sorte de petit félin, a été l’hôte intermédiaire du Sars-CoV en 2002, et que le dromadaire a été celui du Mers-CoV dix ans plus tard en Arabie Saoudite. Il était donc logique de supposer des mécanismes similaires pour le Sars-CoV-2.

Alors, où se situe la controverse que vous évoquiez ?

Comme dans toute controverse en science, il faut identifier les points de consensus afin de pouvoir étudier les désaccords. Côté consensus, toute la communauté scientifique reconnaît qu’il existe des Sars coronavirus circulant chez les chauves-souris apparentés au Sars-CoV-2 : ces virus sont des cousins. On trouve une petite dizaine d’entre eux, mais ils sont tous trop distants, génétiquement, pour être le parent direct de l’épidémie. Ces virus circulent majoritairement dans la province du Yunnan, au sud de la Chine, mais également dans des régions limitrophes de la province du Yunnan colonisées par les mêmes espèces de chauves-souris. Il est également établi que l’émergence de cas de pneumonie sévère traduisant la flambée épidémique du virus ont d’abord été détectés dans la ville de Wuhan, début janvier 2020, dans la province du Hubei. Des premiers cas sont décrits en décembre de manière absolument claire et incontestable, ce qui suggère une origine d’épidémie un peu plus précoce – et donc les experts datent le début de l’épidémie entre début septembre et fin octobre 2019. Voilà pour les points d’accord. En revanche, les points de divergence portent sur la succession d’évènements qui ont permis à des virus de chauves-souris d’acquérir, d’une part, la capacité de reconnaître efficacement les récepteurs présents sur les cellules humaines, et d’autre part, la capacité de transmission interhumaine, donc d’homme à homme. On sait que ces deux étapes constituent un goulot d’étranglement important mais, lorsque qu’un virus passe ces barrières successives, il peut alors se propager largement dans les populations humaines, donc devenir éventuellement épidémique ou pandémique. Le débat porte sur les mécanismes ayant permis ce franchissement de la barrière des espèces. Certains l’expliquent par la thèse zoonotique que j’ai évoquée précédemment. Mais d’autres suggèrent que l’épidémie pourrait être liée à la collecte d’échantillons de ces coronavirus dans les grottes du Yunnan où ils circulent. En effet, plusieurs laboratoires chinois travaillaient sur ce virus, afin de comprendre les mécanismes moléculaires permettant à ces derniers des franchissements de la barrière des espèces pour devenir des pathogènes humains. D’où l’hypothèse d’un accident de laboratoire contaminant éventuellement des personnels… et donnant les premiers patients. Cette hypothèse est sous-tendue par plusieurs arguments : d’abord, cette ville concentre les plus gros centres d’étude des coronavirus dans le monde. Par ailleurs, il est paradoxal de voir émerger une épidémie dans une ville de onze millions d’habitants environ, dont les experts chinois sur les coronavirus affirmaient depuis des années que celle-ci, Wuhan, était typiquement une ville où ce type d’émergence zoonotique ne pourrait pas avoir lieu parce qu’il n’y a pas ces contacts indispensables entre espèces sauvages, espèces domestiques et l’homme.

“Plusieurs laboratoires chinois essaient de comprendre les mécanismes permettant aux virus de franchir la barrière des espèces, et collectent des échantillons de coronavirus dans les grottes où ils circulent, chez les chauves-souris. D’où l’hypothèse d’un accident, et d’une éventuelle contamination des personnels” Étienne Decroly

Y compris sur les marchés ?

Le marché de Wuhan n’est pas un marché où l’on trouve beaucoup d’animaux sauvages. Mais au-delà de ce constat, on a comparé le sérum de personnes habitant à Wuhan avec d’autres dans la province du Yunnan, à 1 500 km de là, pour comparer la présence ou non d’anticorps capables de reconnaître des coronavirus tels que le Sars-CoV-1 [le « premier Sras », soit le syndrome respiratoire aigu sévère de 2002]. Ces études ont montré l’absence d’anticorps contre les Sars-CoV dans les sérums prélevés dans la région de Wuhan – alors que dans la province de Yunnan, on trouve selon les endroits entre 0,6% et 2,7% de sérums positifs. Cette observation indique qu’il y a des franchissements réguliers de la barrière d’espèce dans la province de Yunnan, mais pas à Wuhan. C’est d’ailleurs logique, puisque le Yunnan est une région agricole où les populations sont au contact des animaux sauvages et des chauves-souris. Et pour autant, ces franchissements réguliers de la barrière des espèces ne donnent pas lieu à des épidémies, probablement parce que ces virus ne sont pas adaptés à la transmission interhumaine : c’est le goulot d’étranglement que j’évoquais précédemment. D’où le mystère de cette naissance de l’épidémie à Wuhan puisque, primo, il n’y a pas de chauve-souris porteuses de coronavirus à Wuhan, et secundo, on ne trouve pas l’animal intermédiaire.

Et le pangolin, alors ?

Il est vrai que la découverte dans le génome de coronavirus infectant des pangolins d’une courte séquence génétique apparentée à celle qui permet au Sars-CoV-2 de reconnaître spécifiquement le récepteur ACE2 [l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2] afin pénétrer les cellules humaines (mécanisme dit de clé-serrure), a un temps fait penser qu’on tenait un possible hôte intermédiaire… mais le restant de son génome est trop distant du Sars-CoV-2 pour être un ancêtre direct. En effet, le taux d’identité entre les séquences de Sars-CoV-2 et celles issues du pangolin n’atteint que 90,3 %, ce qui est très inférieur aux taux habituellement observés entre les souches infectant l’humain et celles infectant l’hôte intermédiaire. En d’autres termes, le virus parental de l’épidémie pourrait être une sorte de chimère entre le virus de pangolin et les virus proches du RaTG13 présent dans les provinces du sud de la chine. Mais ces virus n’ont pas été identifiés à ce jour. Par ailleurs, il y a des inconsistances géographiques : les échantillons viraux de chauves-souris ont été recueillis dans le Yunnan, à près de 1 500 km de Wuhan, où a éclaté la pandémie, donc. Et des inconsistances écologiques : chauves-souris et pangolins évoluent dans des écosystèmes différents. Et l’on se demande bien à quelle occasion leurs virus auraient pu se recombiner.

“Le mystère de cette naissance de l’épidémie à Wuhan, c’est que primo, il n’y a pas de chauve-souris porteuses de coronavirus à Wuhan, et secundo, on ne trouve pas l’animal intermédiaire” Étienne Decroly

Exit le pangolin, donc. D’autres espèces pourraient-elles donc constituer le chaînon manquant ? 

En tout cas, on ne l’a pas identifiée jusqu’ici, malgré un échantillonnage assez important ! Pour vous donner une idée, le rapport de l’OMS évoque environ 80 000 prélèvements faits entre octobre 2019 et février 2020. Sur l’ensemble de ces prélèvements, aucun n’a été positif au Sars-CoV-2. Ce qui, évidemment, questionne l’hypothèse de l’origine zoonotique, parce qu’on s’attendrait à trouver quelques échantillons positifs au Sars-CoV-2 et soutenant cette hypothèse. Or pour l’instant, ce n’est pas le cas. L’absence de preuve n’est pas une preuve, mais cela invite à regarder avec plus d’attention d’autres hypothèses qui, au départ, étaient considérées comme moins favorables.

Dont le passage par de la viande congelée ?

En effet, il y a cette hypothèse dans le rapport de la Commission OMS-Chine, mais il y a peu d’arguments scientifiques « raisonnables » qui la soutiennent, dans la mesure où, à ma connaissance, il n’y a pas d’épidémie documentée de CoV passant par de la viande congelée. Disons qu’elle permet d’expliquer l’énigme d’une épidémie dans une ville de onze millions d’habitants dans laquelle les animaux infectés potentiellement ne sont pas particulièrement présents… Cela suggère que le virus a été « gelé » à un endroit, éventuellement en dehors de la Chine, avant d’être transporté jusqu’à Wuhan. Cette hypothèse est toutefois étayée par le fait qu’au moment où le CoV-2 circulait très largement dans la population humaine en 2020, des traces de CoV-2 ont été retrouvées sur des emballages de viande congelée… C’est une hypothèse politiquement satisfaisante, vue de Chine, mais scientifiquement, nous manquons d’éléments probants.

Reste l’hypothèse d’un accident ?

Cette hypothèse est basée, entre autres, sur le fait que le virus le plus proche actuellement connu, donc le RaTG13, a été échantillonné par un laboratoire de virologie localisé dans la zone où les premiers cas de Sars-CoV-2 ont été détectés, et où des travaux sur ces coronavirus émergents sont conduits. Des projets de recherche importants visaient à comprendre le mécanisme de franchissement de barrières d’espèces, c’est-à-dire justement à collecter des virus chez les chauves-souris, récolter des échantillons de manière à séquencer ces virus, essayer de mettre en culture ces virus dans des cellules et essayer de comprendre comment ces virus sont potentiellement capables d’infecter des cellules d’autres mammifères, incluant des cellules humaines.

“En laboratoire, on peut modifier une partie du génome d’un virus, ou en échanger des morceaux avec le génome d’un autre virus, pour essayer de comprendre quelles sont les fonctions spécifiques de tel ou tel fragment de génome. C’est ainsi qu’on crée des virus recombinants” Étienne Decroly

On peut en quelque sorte, passez-moi l’expression, bâtir un virus de toutes pièces ?

Quand on fait de la construction moléculaire, on part évidemment de séquences naturelles dans un premier temps. Une fois qu’on a construit l’existant, on peut éventuellement, modifier une partie du génome ou échanger des morceaux de génome d’un virus avec le génome d’un autre virus, donc faire ce qu’on appelle des chimères – ou virus recombinant – pour essayer de comprendre quelles sont les fonctions spécifiques de tel ou tel fragment de génome, ou comment tel ou tel morceau de génome confère ou ne confère pas la capacité à infecter d’autres types cellulaires. Chez les coronavirus, par exemple, il y a une protéine qui joue un rôle majeur dans le franchissement de la barrière des espèces, c’est la protéine Spike qui est à la surface de la particule virale et donne l’aspect en couronne des virus. Il se trouve que les laboratoires de virologie de Wuhan ont démontré, à partir de 2016, qu’il existe chez certaines chauves-souris des virus avec des protéines Spike potentiellement capables d’infecter directement des cellules humaines sans nécessiter pour autant de passer par des hôtes intermédiaires. C’est ce qui fait qu’aujourd’hui, quand on parle de zoonose, les deux possibilités sont explorées par les scientifiques : soit une infection directe de l’homme par des virus de chauve-souris, qui donnent naissance à l’épidémie, soit une zoonose qui est liée à un mécanisme de débordement via l’infection d’une espèce intermédiaire.

C’est compliqué, en labo, de transformer un virus pour qu’il puisse franchir des barrières ?

Oui, bien sûr, c’est compliqué. De tels travaux ne sont pas à la portée de n’importe quel laboratoire. Cela réclame d’abord de travailler dans des conditions de sécurité suffisantes. Les recommandations européennes sur les coronavirus (Sars-CoV-1 & 2 et Mers-CoV) imposent de travailler en laboratoire de type L3. Mais les méthodologies de modification des génomes avancent à une vitesse tout à fait incroyable, ce qui fait que des expériences qui duraient des mois, il y a encore dix ans, sont réalisables aujourd’hui en moins d’un mois par les laboratoires qui ont l’expertise – d’ailleurs, les autorités chinoises ont publié les premières séquences du Sars-CoV-2 vers le 12 janvier 2020, et un mois plus tard, un laboratoire suisse avait reconstruit un Sars-CoV-2 rigoureusement identique, juste sur la base de ces séquences récupérées dans une base de donnée…

“On peut agir en régulant mieux les élevages industriels et les voyages internationaux” Étienne Decroly

Est-ce si important de déterminer l’origine du virus ?

Il est crucial, de mon point de vue, de comprendre l’origine de cette pandémie, parce qu’il y a des décisions collectives et mondiales à prendre qui seront complètement différentes si l’origine est zoonotique ou accidentelle. S’il y a eu passage par tel ou tel hôte intermédiaire, il faudra prendre des mesures de surveillance chez les animaux potentiellement infectés, donc potentiellement vecteurs de ces virus, avec à la clef des abattages systématiques, comme c’est le cas régulièrement pour la grippe aviaire. Et s’il s’avère que c’est un accident dû à des manipulations, alors il faut mieux encadrer les conditions expérimentales dans lesquelles sont faites les expériences dont on vient de parler. Par ailleurs, quelle que soit l’origine du virus, avec l’avancée rapide des nouveaux outils de biologie moléculaires, il est peut-être urgent de réfléchir de manière collective aux expériences qu’il est nécessaire de faire dans les laboratoires et à celles qu’il ne faut pas faire parce qu’elles sont trop dangereuses. Est-il raisonnable de construire dans des laboratoires, des virus potentiellement pandémiques chez l’homme qui, au départ, n’existent pas naturellement ? Ce débat éthique existe depuis les années 2010-12, quand des équipes américaines et hollandaises ont cherché à construire des virus de la grippe, potentiellement pandémiques, et cette fois-ci à partir d’un virus qui n’était pas particulièrement adapté à la transmission par aérosol. Le bénéfice qu’on escomptait de ces expériences était-il si important qu’on pouvait s’affranchir du risque de sa diffusion ? Ou, est-ce que, éthiquement, ces travaux devaient être considérés comme trop dangereux et donc interdits ? Voilà ce qui a conduit les États-Unis à décréter à partir de 2014 un moratoire sur ce type d’expérience. Ces arbitrages sont complexes, et il est nécessaire d ’évaluer les risques et les bénéfices potentiels des expériences, afin de définir des limites sans stériliser la recherche.

“Il est crucial de comprendre l’origine de cette pandémie, parce qu’il y a des décisions collectives et mondiales à prendre qui seront complètement différentes si l’origine est zoonotique ou accidentelle” Étienne Decroly

D’où la nécessité d’une autorité transnationale ?

Le cœur du débat est là : les scientifiques sont peu habitués aux limitations a priori de leur domaine de recherche, et encore moins à ce que la société civile scrute leurs travaux. Cette manière de faire change progressivement, car il y a de plus en plus de comités d’éthique – en tout cas, pour tout ce qui concerne le domaine d’expérimentation humain et, désormais, les expérimentations animales. Mais il y a d’autres domaines de la science qui devraient être considérés comme critiques du point de vue éthique, c’est-à-dire dans lesquels on renoncerait éventuellement à la conduite de certaines expériences, ou alors où l’on favoriserait des stratégies alternatives moins dangereuses. Les virus n’ont pas de passeports ! Et donc, la gestion des risques biologiques ne peut plus être envisagée uniquement au niveau national. Cette question doit se traiter de manière internationale, si l’on veut la traiter correctement. Regardez le moratoire américain que j’évoquais : l’une des conséquences de cette nouvelle politique a été l’arrêt des expériences sur les coronavirus par les grands laboratoires sur le territoire américain. Ce qui a conduit, à la place, à l’intensification de ces recherches dans les laboratoires de Wuhan, par exemple, avec des financements américains… notamment, entre autres, via la EcoHealth Alliance ! Paradoxalement, le moratoire américain, qui pourrait être jugé comme une décision limitant les risques biologiques, a donc peut-être eu des effets pervers, en favorisant le déploiement de recherche dans des pays ou le contrôle des risque biologiques est moindre…

Les recherches dans les laboratoires de Wuhan étaient soutenues par des fonds américains ?

Oui, via l’association que je viens de mentionner. Il y a eu financement d’abord des collectes de virus, pour essayer d’échantillonner davantage les virus présents chez les chauves-souris, entre autres dans le Sud asiatique, mais il y a également eu financement d’expériences visant à être en capacité de cultiver ces virus, en cellules et dans des modèles animaux, pour comprendre les mécanismes de transfert zoonotique et pour essayer concevoir des vaccins permettant de protéger des futures zoonoses. L’intention de telles recherches est donc de prévoir les nouveaux virus potentiellement pandémiques pour mieux s’en prémunir… Sauf que justement, les expériences réalisées comportent des risques potentiels. Quand on réfléchit aux problèmes de pandémies et aux études sur les virus émergents, on ne peut, je le répète, pas envisager la problématique du seul point de vue national ou même continental – il faut nécessairement une vision globale et mondiale. Dans son Destin des maladies infectieuses, le microbiologiste Charles Nicolle écrivait en 1933 que « la connaissance des maladies infectieuses enseigne aux hommes qu’ils sont frères et solidaires. Nous sommes frères parce que le même danger nous menace, solidaires parce que la contagion nous vient le plus souvent de nos semblables. » Cette analyse reste étonnamment d’actualité – et l’avenir ne manquera pas de nous rappeler cette vérité dans le contexte du déploiement des vaccins, avec les variants du Covid-19 qui se multiplient actuellement… Sans une stratégie globale et mondiale, on court après le virus avec des vaccinations éventuellement successives permettant de protéger une partie de la populatio, alors même que l’autre partie de la population, qui serait incorrectement vaccinée, constituerait finalement un réservoir de nouveaux variants.

“Il est peut-être urgent de réfléchir de manière collective aux expériences qu’il est nécessaire de faire dans les laboratoires et à celles qu’il ne faut pas faire parce qu’elles sont trop dangereuses” Étienne Decroly

Et d’ailleurs – cataloguez-vous le virus dans le règne du vivant ?

C’est, effectivement, aussi un débat scientifique actuel, et la réponse à la question dépend de la définition du vivant. Personnellement, je considère les virus comme vivants, parce qu’ils font partie de l’ensemble des processus biologiques qui sont soumis aux contraintes évolutives de la sélection naturelle. Et donc, ils sont capables d’évoluer sous contrainte.

Quand vous pensez aux dix, vingt ans à venir, comment imaginez-vous la coexistence avec les virus ?

L’espèce humaine a toujours coexisté avec des zoonoses et avec des pathogènes, et nous allons continuer à coexister. Cela fait partie des grands équilibres. Évidemment, la surpopulation mondiale a des conséquences… La pression sur les écosystèmes et la densification de la population aussi, avec pour répercussions l’augmentation des élevages d’animaux industriels, sources potentielles également de zoonose. On sait aussi que l’évolution des moyens de transport et de communication favorise la dissémination des épidémies, et nous avons vu la dissémination mondiale du Sars-CoV-2 en quelque mois. Donc l’ensemble de ces facteurs favorise l’intensification des zoonoses et la diffusion des maladies infectieuses nouvelles. On peut agir en régulant mieux les élevages industriels et les voyages internationaux. Mais il est également nécessaire d’interroger les pratiques de la biologie moléculaire moderne, qui nous permet de mieux lutter contres les maladies mais qui comporte, comme on vient de le voir, également des risques biologiques. On peut conclure à ce stade que même si l’origine de l’épidémie n’est pas encore élucidée – et même si l’identification risque de prendre du temps –, nous disposons déjà d’informations importantes sur des mécanismes potentiels d’émergence de pandémies. Il est par conséquent possible, dès aujourd’hui, de limiter ces risques en adaptant nos pratiques.

One Response to Virus de Wuhan: Le SARS-CoV-2 a des capacités de mutation hors norme (Guess why the Chinese Army super virus designed in a French laboratory with US funds is so virulent ?)

  1. jcdurbant dit :

    QUELLE MENACE CHINOISE ? (Devinez qui, après la France et l’Amérique, vient brusquement de devenir très silencieux au sujet de sa propre collaboration avec la recherche sur les gains de fonction du laboratoire de Wuhan, en leur exportant notamment jusqu’à 15 agents pathogènes mortels différents, dont les virus Nipah, encéphalite japonaise, VIH, leucémie des cellules humaines T et hépatite delta ?)

    WHAT CHINA THREAT ? (Guess who after France and America, just got real quiet about its own collaboration with the Wuhan lab ‘s gain of function research, like exporting to them up to 15 different fatal pathogens, including Nipah, Japanese Encephalitis, HIV, human T-cell leukemia and hepatitis delta viruses ?)

    “We have a problem in this country when operatives who are part of the Communist China regime are allowed into our very sensitive labs here in Canada, specifically in Winnipeg. Will the Prime Minister commit today to ending research co-operation with the Chinese communist military?”

    Candice Bergen (Canadian Conservative Party)

    “There’s a level of admiration I actually have for China because their basic dictatorship is allowing them to actually turn their economy around on a dime. »

    Justin Trudeau (2013)

    “The rise in anti-Asian racism we have been seeing over the past number of months should be of concern to everyone. I would recommend that the members of the Conservative Party, in their zeal to make personal attacks, not start to push too far into intolerance towards Canadians of diverse origins. »

    Justin Trudeau

    “When Prime Minister Trudeau conflates criticism of China’s government with anti-Asian racism, he plays into the propaganda efforts of China’s communist leadership. Beijing’s goal is to conflate legitimate criticism of China’s government with intolerance towards anyone of Chinese heritage.”

    Michael Chong and Kenny Chiu

    The story was first reported by Canadian wire service The Canadian Press after Qiu Xiangguo, her husband Cheng Keding, and several Chinese students comprising their research team were quietly escorted from the National Microbiology Laboratory (NML) in Winnipeg by federal law enforcement, the Royal Canadian Mounted Police (RCMP), after the Public Health Agency of Canada (PHAC) alerted them to a “possible policy breach” on May 24, 2019.

    After the affair made barely a splash in Canadaian media, the University of Manitoba distanced itself from the couple, ending Qiu and Cheng’s “non-salaried adjunct appointments.”

    One of the first follow up articles in Canada’s decidedly one-voice media pantheon was a July 17, 2019 article by National Post, which said Qiu had “worked with a Chinese company that copied a breakthrough Ebola drug she helped discover.” The publication relied on statements from Qiu’s fellow NML researcher, Gary Kobinger, who said that while he and Qiu were employed at the federally funded facility, they coordinated with a Beijing firm known as MabWorks.

    The article sought to downplay Qiu and Kobinger’s dealings with MabWorks, paraphrasing Kobinger as saying “The Beijing firm was up-front about what it had done – despite the drug being under patent,” adding that the collusion “probably saved lives by increasing production of the experimental product at its own cost.”

    Kobinger, who left the NML to take up a research chair position at the University of Laval, used his interview with National Post to frame Qiu and Cheng’s dismissal in a more palatable light, “The angle that is coming out of this I think is unfortunate. This angle of paranoia, that people are stealing and this and that.”

    “It’s a bit sad, it’s kind of politicizing science, because of tensions between two countries.”

    Kobinger wound up with egg on his face on August 2, when PHAC went public with the real reason for the RCMP’s investigation into the Chinese duo: They had shipped, via the NML, samples of Ebola and Henipavirus to the Wuhan Institute of Virology. Henipavirus is a genus of viruses containing the Nipah and Hendra viruses and is the pathogen that causes the deadly disease known as Marburg.

    A September of 2018 study published in Scientific Reports found that the Henipavirus pathogen has a mortality rate between 75 and 100 percent and spoke of fears it may be weaponized. The study is especially damning as it was authored by scientists from the University of Manitoba and the NML.

    In a pandemic simulation parallel to the notorious Event 201 held by John Hopkins, the World Economic Forum, and the Bill and Melinda Gates Foundation in October of 2019, when SARS-CoV-2, the coronavirus which causes Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) was first spreading like wildfire in Wuhan, John Hopkins held the Clade X simulation in 2018 that featured on a novel strain of a parainfluenza virus that had been spliced with Nipah. In the simulation, 150 million people perished globally.

    National Post said a spokesperson for the NML said the virological transfer was part of a “routine” sharing between itself and the WIV.

    After the revelations, the trail of the story quickly went cold in Canadian media. A few months later, the world had an emerging pandemic to occupy itself with ad nauseum throughout 2020.

    It wasn’t until May 5, 2020 that National Post gave space to the story again, using it to debunk “conspiracy theories” that Qiu and Cheng were connected to COVID-19. While it appears true that the banished Chinese researchers were not related to SARS-CoV-2, the article did reveal that NML employees were frustrated by the total silence around the removal of their colleagues from the facility, “They have told the staff nothing, other than a ridiculous order last summer that we’re not allowed to discuss it or speculate about what may be going on,” said a PHAC employee who was “not authorized to speak on the record.”

    “Many of us think it is such a huge story that they are trying to keep buried for some pretty serious reasons. We just don’t know what those are.”

    Almost 12 months after the story first broke, both the RCMP and PHAC were tight lipped to National Post on developments in the investigation. PHAC maintained that the situation was merely an “administrative review,” while Canada’s top police force only said “the matter is still under investigation.”

    PHAC actually kept the duo employed until Jan 20 of 2021. A Parliamentary committee on Canada-China relations gave PHAC’s President Iain Stewart an ultimatum to reveal why Qiu and Cheng were terminated in March, only to be rebuffed by Stewart, a civil servant, who said he is “not at liberty to discuss it further” while the case is under RCMP investigation.

    The rabbit hole runs deeper. In a June 14, 2020 article by Canada’s far-left public broadcaster CBC, the network found under Access to Information (ATIP) queries that Qiu, Cheng, and the NML had actually sent two vials of 15 different viruses to the WIV. These viruses included:

    There separate versions of Ebola Makona
    Mayinga
    Kikwit
    Ivory Coast
    Bundibugyo
    Sudan Boniface
    Sudan Gulu
    MA-Ebov
    GP-Ebov
    GP-Sudan
    Hendra
    Nipah Malaysia
    Nipah Bangladesh

    The ATIP documents revealed NML’s Director General Matthew Gilmour had asked Chief of Special Pathogens David Safronetz in an email “Good to know that you trust this group. How did we get connected with them?” to which Safronetz replied “They are requesting material from us due to collaboration with Dr. Qiu.”

    Gilmour left the NML in July of 2020 for a position at Quadram Institute Bioscience in the United Kingdom.

    Documents also showed the NML was going to ship the thirty vials of pathogens in “inappropriate packaging,” which was only rectified after the Chinese side of the transaction complained.

    Law professor and epidemiologist at University of Ottawa Amir Attaran told CBC in exasperation, “The only reason the correct packaging was used is because the Chinese wrote to them and said, ‘Aren’t you making a mistake here?’ If that had not happened, the scientists would have placed on an Air Canada flight, several of them actually, a deadly virus incorrectly packaged. That nearly happened.”

    And it wasn’t until June of this year when it was revealed by PHAC that a secret-level security clearance is required to work at NML, with an additional clearance under the Human Pathogens and Toxins Act for researchers working on deadly substances, both of which Qiu and Cheng would had to have possessed.

    CBC also found via ATIP inquiries that Qiu had flown to mainland China a minimum of five times to train scientists at the WIV. The public broadcaster said the documents showed the trips were funded by a third party, whose identity was redacted.

    CBC further discovered Qiu has added 32 publications to her name since her removal from the NML, mostly involving Ebola and Marburg, partnered with Chinese scientists and Chinese funding.

    Notably, Qiu has co-authored at least eight studies with Yan Feihu, a researcher from the Chinese Academy of Sciences, a People’s Liberation Army backbone of the CCP’s Military-Civil Fusion initiative.

    CBC said unidentified sources at the NML confirmed they “saw the Chinese military scientist at the NML.”

    The broadcaster also said Qiu and Cheng have not been seen since their 2019 removal. Two Winnipeg homes associated with the couple are empty. Neighbours told CBC the properties have been empty for several months.

    “Former co-workers say Qiu has also bragged about owning a mansion in China,” added CBC.

    Their Winnipeg homes are valued at approximately $1.7 million combined, a suspicious detail in light of their $250,000 combined annual salaries at the NML.

    In April, the Special Committee on Canada-China Relations, a Parliamentary organ, gave PHAC 20 days to provide unredacted documentation relating to the scandal. PHAC not only missed the deadline, but was bold enough to simply provide redacted copies of the documentation, resulting in Stewart and NML acting-Vice President Guillaume Poliquin being called to appear before Parliament to explain themselves on May 10.

    Stewart told the Committee that he and government lawyers had determined “As public servants, we’re bound by law to keep confidential information confidential,” despite the Committee and Parliamentary Law Clerk Philippe Dufresne asserting that the Committee and its elected officials had full jurisdiction to receive the information as acting Members of Parliament.

    Conservative Party Shadow Minister for Foreign Affairs Michael Chong was outraged during the proceedings, “The parallel between these two situations is appalling. We live in a parliamentary democracy and we are facing the same impediments to our investigations as investigators are facing as they attempt to discover the origins of the COVID-19 pandemic in China.”

    In a session of Parliament on May 26, Conservative Party Deputy Leader Candice Bergen bluntly targeted Prime Minister Justin Trudeau on the scandal when she stated, “We have a problem in this country when operatives who are part of the Communist China regime are allowed into our very sensitive labs here in Canada, specifically in Winnipeg.”

    She asked Trudeau, “Will the Prime Minister commit today to ending research co-operation with the Chinese communist military?”

    Trudeau, who while campaigning in 2013 told a fundraiser, “There’s a level of admiration I actually have for China because their basic dictatorship is allowing them to actually turn their economy around on a dime,” deflected the opposition party’s questions, attempting to turn criticism of Canada’s dealings with the CCP into an issue of race.

    “The rise in anti-Asian racism we have been seeing over the past number of months should be of concern to everyone. I would recommend that the members of the Conservative Party, in their zeal to make personal attacks, not start to push too far into intolerance towards Canadians of diverse origins,” pushed Trudeau.

    On May 26, Chong and Conservative Shadow Minister for Diversity, Inclusion, and Youth, Kenny Chiu, challenged Trudeau on his words in a statement released on May 27, “When Prime Minister Trudeau conflates criticism of China’s government with anti-Asian racism, he plays into the propaganda efforts of China’s communist leadership. Beijing’s goal is to conflate legitimate criticism of China’s government with intolerance towards anyone of Chinese heritage.”

    “This is the sort of rhetoric that Canadians have come to expect from China’s communist leadership.”

    On June 2, the House of Commons once again passed a motion compelling PHAC to supply unredacted documentation on Qiu and Cheng’s case. This time, Trudeau’s Ministers of Public Health Patty Hadju and Foreign Affairs Minister Marc Garneau both blocked the transfer of documents.

    It can be said that perhaps the Trudeau administration’s fondness for the CCP has become systemic. In December of 2020, Canadian independent media outlet Rebel News obtained documents via ATIP that showed Foreign Affairs Canada was instructed by Global Affairs Canada to look the other way as Canada invited PLA one and two-star generals to Canadian soil to participate in winter survival training after top military officers wanted to veto the engagement.

    https://www.visiontimes.com/2021/06/28/canada-virologic-scandal-wiv.html

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